ปีคริสต์ศักราช 11941 หน่วย “YoRHa” ได้ถูกส่งลงไปยังโลกมนุษย์เพื่อกอบกู้โลกที่ถูกรุกรานจาก ชีวจักรกล ในปฏิบัติการเหนือน่านฟ้าเพิร์ลฮาร์เบอร์ ทว่าผู้ที่สามารถรอดชีวิตจนถึงพื้นโลกได้ มีเพียงแค่ 4 คนเท่านั้น แม้จะร้องขอการยุติภารกิจไปยังศูนย์บัญชาการแต่กลับถูกปฏิเสธ ในขณะที่เหล่าแอนดรอยด์ทั้ง 4 กำลังต่อสู้กับชีวจักรกลเพื่อทำภารกิจให้ลุล่วงนั้น กลุ่มต่อต้านซึ่งเป็นผู้รอดชีวิตจากภารกิจเมื่อสองร้อยปีก่อนก็ได้ยื่นมือเข้ามาช่วยเหลือ ช่วงแรกกลุ่มต่อต้านยังคงมองหน่วย YoRHa เป็นศัตรู แต่เมื่อเริ่มเรียนรู้และทำความเข้าใจเรื่องราวของกันและกัน ท้ายที่สุดพวกเขาจึงตัดสินใจร่วมมือกันเพื่อทำภารกิจให้สำเร็จลุล่วง ทว่า… เรื่องราวจากละครเพลงในโลกที่เชื่อมโยงกับ "NieR:Automata" ผลงานการประพันธ์โดยโยโก ทาโร่สู่ฉบับการ์ตูนเล่ม 2!!