เพื่อจะช่วยเหลือเซย์ย่าซึ่งตกอยู่ ในภาวะใกล้ตายเพราะคำสาปของฮาเดส ได้เดินทางข้ามมิติเวลากลับไปยัง ยุคสมัยของสงครามศักดิ์สิทธิ์ครั้งก่อน! โครนอส เทพเจ้าแห่งกาลเวลา ให้เวลาจำกัดเพียงแค่ 3 วันเท่านั้น!! พวกเขาจะสามารถทำลาย ดาบของฮาเดสให้เป็นผุยผง ได้ก่อนที่ทรายในนาฬิกาดารา จะตกลงมาจนหมดหรือไม่!? และฟีนิกซ์ อิคคิก็ได้เข้าเผชิญหน้า วิกฤตที่ไม่เคยมีมาก่อน ซึ่งคืบคลาน เข้าใกล้อาธีน่าเข้าไปทุกที...!! โกลด์เซนต์ยุคสงครามศักดิ์สิทธิ์ ครั้งก่อนทยอยปรากฏตัวขึ้น! ภาคต่อที่แท้จริงของ "เซนต์เซย์ย่า" ดำเนินเรื่องไปถึง อีกขั้นหนึ่งแล้ว!!