ในอนาคตอันไกลโพ้น โลกถูกรุกรานโดยมนุษย์ต่างดาว และอาวุธของพวกมันที่เรียกกันว่า "ชีวจักรกล" มนุษยชาติจำเป็นต้องหลบหนีไปอยู่บนดวงจันทร์ ต่อมามนุษย์ได้พัฒนาหุ่นยนต์แอนดรอยด์ และจัดตั้งกองทัพเพื่อต่อกรกับมนุษย์ต่างดาว สงครามดำเนินต่อไปอย่างยืดเยื้อยาวนาน ปีคริสต์ศักราช 11941 เพื่อพิชิตสงครามที่อยู่ในสภาวะหยุดชะงัก หน่วย "YoRHa" ได้ถูกจัดตั้งขึ้นโดยมีแอนดรอยด์เพศหญิงรุ่นใหม่ล่าสุด ซึ่งถือเป็นอาวุธสำหรับศึกตัดสินสังกัดอยู่หน่วย YoRHa ถูกส่งลงไปทำภารกิจยังแนวหน้าของสงครามกอบกู้โลกเพื่อมวลมนุษยชาติ...... อนาคตของเหล่าแอนดรอยด์ที่ต่อสู้เพื่อบรรลุเป้าหมายที่มีเพียงหนึ่งเดียวนั้นจะเป็นอย่างไรต่อไป ——? เรื่องราวจากละครเพลงในโลกที่เชื่อมโยงกับ "NieR:Automata" ผลงานการประพันธ์โดยโยโก ทาโร่ สู่ฉบับการ์ตูน!!