ปีคริสต์ศักราช 11941 หน่วย “YoRHa” ได้ถูกส่งลงไปยังโลกมนุษย์เพื่อกอบกู้โลกที่ถูกรุกรานจาก "ชีวจักรกล" ในปฏิบัติการเหนือน่านฟ้าเพิร์ลฮาร์เบอร์ “YoRHa” ทั้ง 4 ร่วมมือกับกลุ่มต่อต้าน ที่ถูกส่งลงมาทำภารกิจบนโลกเมื่อสองร้อยปีก่อนและออกเดินทางไปยังโถงควบคุมลิฟต์บริเวณยอดเขาคาอาราอันเป็นที่ตั้งเซิร์ฟเวอร์ของฝ่ายศัตรู ในขณะเดียวกันทางด้านฐานทัพบังเกอร์พยายามส่งคำร้องเพื่อขอความช่วยเหลือให้กับหน่วย YORHa ที่กําลังตกอยู่ในสถานการณ์ที่ยากลำบาก ทว่าคำร้องทั้งหมดกลับถูกปฏิเสธโดยผู้บัญชาการ และมติการประชุมของมนุษย์ซึ่งสร้างความอึดอัดใจแก่ฟุตาบะและโยสึบะอย่างมาก.... อะไรคือเป้าหมายของภารกิจในครั้งนี้ และสิ่งที่สำคัญกว่าความสำเร็จของการกิจคืออะไรกันแน่-? เรื่องราวจากละครเพลงในโลกที่เชื่อมโยงกับ "NieR:Automata" ผลงานการประพันธ์โดยโยโก ทาโร่สู่ฉบับการ์ตูนเล่ม 3 !!