3 ปีหลังจาก "การเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่" ที่ทำให้จุดยืนของโบรุโตะและคาวากิสลับกัน สิบหางที่โค้ดบงการเกิดมีอัตตาขึ้นทั้งยังเริ่มวิวัฒนาการไปเป็น "พฤกษเทวะ" จนกลายเป็นภัยร้ายครั้งใหม่! กระทั่งซาสึเกะเองยังถูก "ต้นไม้" ดูดกลืนเข้าไป ... โบรุโตะหวนคืนสู่หมู่บ้านอีกครั้ง แต่กลับถูกมิตสึกิดักเล่นงาน ...!?