ปีคริสต์ศักราช 11941 เพื่อกอบกู้โลกที่ถูกชีวจักรกลรุกราน หมายเลขสองและหมายเลขสีได้บกเข้าโถง ควบคุมลิฟต์บนยอดเขาคาอาราซึ่งเป็นฐานที่ตั้งเซิร์ฟเวอร์ของศัตรู หมายเลขสองและหมายเลขสี่ร่วมกับโรส และเยอบีร่าจากกลุ่มต่อต้านเผชิญหน้ากับเด็กสาวชีวจักรกลสองคน ณ ชั้น 12 ซึ่งเป็นที่ตั้งของ ห้องเซิร์ฟเวอร์ ในขณะเดียวกันที่ฐานทัพบนตำแหน่งวงโคจรดาวเทียมก็ได้เกิดคำถามและความไม่ลงรอย ในเรื่องการส่งความช่วยเหลือไปยังหน่วย YoRHa ขึ้น... ความจริงที่ถูกเปิดเผยโดยเหล่าเด็กสาวชีวจักรกลว่าด้วยความหมายของโปรเจกต์ YoRHa รวมถึง จุดประสงค์ที่แท้จริงของการกิจที่ถูกกำหนดโดยสภามนุษยชาติคืออะไร บทสรุปเรื่องราวการต่อสู้กับเหล่าชีวจักรกลจะจบลงในรูปแบบไหนกันแน่ เรื่องราวจากละครเพลงในโลกที่เชื่อมโยงกับ "NieR:Automata" ผลงานการประพันธ์โดยโยโก ทาโร่สู่ฉบับการ์ตูนเล่ม 4 !!