นี่คือโลกที่ ‘แผนบริบูรณ์มนุษยชาติ’ ถูกหยุดยั้งโดยอิคาริ ชินจิ...องค์กรพิเศษเนิร์ฟในอดีตถูกจัดตั้งใหม่ในนาม ‘เนิร์ฟ JPN’ ภายใต้การนำของผู้บัญชาการสูงสุด คัตสึรากิ มิซาโตะเหล่าชิลเดรนในวัย 17 กำลังเตรียมรับมือการกลับมาอีกครั้งของเหล่าสาวก ทว่าอายานามิ เรย์ หนึ่งในสี่ผู้ดูแลเครือข่ายค้นหาและทำลายล้างสาวกทั่วโลก เรย์ No.กาตเทรอะ กลับคลุ้มคลั่งอย่างกะทันหัน ชินจิที่พยายามจะเข้าไปหยุดยั้งอาการคลุ้มคลั่งนั้นกลับถูกยิงทะลวงพร้อมกับเครื่องหมายเลขหนึ่ง... อีกหนึ่งตำนานที่คุณไม่เคยรู้จากเอวานเกเลี่ยน ซึ่งต่อยอดมาจากอนิเมะตอนที่ 24 ความจริงที่ถูกเก็บงำไว้นับสิบปี กำลังจะถูกเปิดเผย!