ซานาดะ เจ้าหน้าที่ตำรวจในตำนาน อดีตเจ้าหน้าที่เก็บกู้วัตถุระเบิด เสียชีวิตในหน้าที่ในคดีวางระเบิด 3 ปี ถัดมาในวันเดียวกัน 7 พฤศจิกายน รถของสารวัตรชิราโทริก็ถูกวางระเบิด! ในเวลาเดียวกัน ข้อความปริศนาที่ระบุถึงสถานที่วางระเบิดก็ถูกส่งมา โคนันซึ่งเป็นผู้ไขปริศนาได้ พร้อมกับหมวดทาคางิ ถูกขังอยู่ในลิฟต์ที่หอคอยโตเกียว และที่นั่นมีระเบิดวางอยู่เช่นกัน โคนันต้องเผชิญกับวิกฤติครั้งใหญ่!!