สงครามโลกนินจาผ่านพ้นไปกลายเป็นอดีต หมู่บ้านโคโนะฮะเองก็เข้าสู่ยุคสมัยแห่งความสงบสุข แต่เนื่องจากมีบิดาที่ยิ่งใหญ่เกินไป โบรุโตะ บุตรชายของโฮคาเงะรุ่นที่เจ็ดจึงได้แต่ใช้ชีวิต ที่แสนหงุดหงิดในแต่ละวัน โดยหารู้ไม่ว่าเค้างำแห่งความหายนะครั้งใหม่กำลังจะมาเยือน... ถึงเวลาเปิดม่านตำนานนินจายุคใหม่แล้ว!!