แก๊งแม็กม่าและแก๊งอควาซึ่งเป็น 2 องค์การร้ายได้ร่วมมือกัน! เพื่อจุดมุ่งหมายอันชั่วร้าย!! ส่วนรูบี้และแซฟไฟร์ที่ไก้พบกันอีกครั้ง ก็เกิดเข้าใจผิด… ต่างคนต่างเกิดความสับสนขึ้นในใจ …และในที่สุดโปเกมอนดึกดำบรรพ์ก็คืนชีพขึ้นมาแล้ว