ในปี ค.ศ. 2036 ปุบปับคอพเพเลียนซึ่งกำลังปฏิบัติภารกิจกู้ภัยอยู่ในโตเกียว ก็ถูกเครื่องบินทิ้งระเบิดสเตลท์ B-2 ลึกลับโจมตี แต่ก็รอดไปได้อย่างหวุดหวิด ส่วนเครื่องบินทิ้งระเบิด B-2 บินหลบหนีเข้าไปยัง “ZONE – เขตอันตรายปนเปื้อนรังสีในระดับสูง--” สิ่งที่คอพเพเลียนได้พบเมื่อติดตามไปคือ มรดกแห่งโลกมืดที่ซ่อนตัวอยู่ในนครมรณะ..