โตเกียวกลายเป็นเขตอันตรายซึ่งเป็นที่อยู่ของเหล่าเทพไปแล้ว และเด็กสาวผู้ปฏิญาณว่าจะ ‘ฆ่าเทพ’ อย่างวากะก็ถูกบีบบังคับให้ต่อสู้กับนายู มนุษย์เทียมที่สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์ต้านเทพสร้างขึ้นมา แม้โทคินางะจะรู้ว่าในตัววากะมีสัญชาตญาณป่าเถื่อนที่เจ้าตัวควบคุมไม่ได้แฝงอยู่ แต่เขาก็ยังเสนอให้เธอได้ใช้ชีวิตภายนอกสถาบันวิจัย ทว่าท้ายที่สุดแล้วกลับเกิดเหตุไม่คาดฝันขึ้น...?