ในปี ค.ศ. 2036 “ศึกใหญ่นัดตัดสินชะตาในโตเกียว” ยิ่งทวีความรุนแรง!! หน่วยรบกองโจรของพวกคานอนต้องเผชิญกับสงครามสามฝ่ายที่มีทั้งปีกดำและฟอสซิลอยด์เป็นคู่ต่อสู้ ส่วนฝ่ายอิบาระก็นำผู้รอดชีวิตทั้ง 55 คน มุ่งหน้าไปฮาเนดะ จุดนัดพบเรือดำน้ำ แต่ในระหว่างนั้นกับดักที่ใครบางคนวางไว้ก็เริ่มทำงาน...!?