หลังจากคลี่คลายคดีที่ไชน่าทาวน์เมืองโยโกฮาม่าได้ รันก็หมดสติไประหว่างที่ถูกนำส่งโรงพยาบาล เหตุการณ์ในอดีตที่ไม่อยากจะนึกถึงก็กลับผุดขึ้นมาอีกครั้ง มันคือเหตุการณ์คดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นตอนไปเที่ยวนิวยอร์กกับชินอิจิและยูกิโกะคุณแม่ของเขา... ชินอิจิก่อนที่จะกลายเป็นโคนันจึงต้องคลี่คลายคดีปริศนานี้!!