การโจมตีจากใครซักคนที่เกิดขึ้นอย่างกะทันหัน ทำให้กำแพงของ "โรงเรียนทาคาฮาระ" พังทลายลง รูใหญ่มีเป้าหมายในการ "ปลูกถ่ายสมอง" และพุ่งเป้าไปที่ โทคิโอะ และ "ลูกๆ" ในขณะเดียวกันมารุและคิรุโกะที่จาก "ศูนย์อิบารากิ" มาก็ถูกตามล่าโดยกระทรวงฟื้นฟู ทั้งสองเดินทางโดยรถคิรุโกะมารุ II เพื่อมุ่งสู่จุดหมายใหม่แต่ภัยอันตรายก็ค่อยๆ คืบคลานเข้ามา และแล้ว "โรงเรียนทาคาฮาระ" ของทั้งสองโลกก็ค่อยๆ เชื่อมโยงเข้าหากัน