อิโรฮะ ตัวเอกผู้ไม่มีอะไรพิเศษ ได้เข้าไปเรียนในโรงเรียนสุดโหดที่มีแต่การถอดรหัส ถอดรหัส ถอดรหัสไม่มีสิ้นสุดอย่าง–––โรงเรียนถอดรหัส! อิโรฮะแทบสิ้นลมกับรหัสที่กระหน่ำเข้ามาไม่ยั้ง แต่ ณ ที่นั่น ก็ได้มีบุคคลปริศนาชื่อ โคโกเอะ ปรากฏตัวขึ้น แถมยังฝากแว่นตาปริศนาไว้กับเขา ทว่าที่จริงแล้ว แว่นนี้กลับมีปริศนาน่าเหลือเชื่อซ่อนเอาไว้