ตัวเอก ชิบาตะ ฮิเดโตะ (เรียกย่อๆ ว่า "ฮิเดะ") ซึ่งกลายมาเป็นสายลับใหม่ภายใต้สังกัดคันดะอดีตหน่วยข่าวกรองในตำนาน ในฐานะหน่วยสืบข้อมูลลับเยาวชนประจำจักรวรรดิ มิคาโดะบอยหมายเลข 3 ร่วมมือกับกิน มิคาโดะบอยหมายเลข 2 ในการท้าทายกับอำนาจมืดที่กำลังจะกลืนกินจักรวรรดิ! ภารกิจถัดไปที่ทั้งสองได้รับมอบหมายมาก็คือการจับตาดูผู้ต้องสงสัยว่าจะเป็นสายลับของประเทศอังกฤษซึ่งเป็นอาจารย์สอนอยู่ที่โรงเรียนของพวกฮิเดะ เป้าหมายคือ Mr.สมิธ อาจารย์ใจดีที่ไม่อยากให้ฮิเดะไปเป็นทหาร ฮิเดะที่เต็มไปด้วยความสงสัยว่าคนที่เป็นแบบนั้นไม่น่าจะเอาความลับของญี่ปุ่นไปขายให้ประเทศอังกฤษ บุกเข้าห้องของอาจารย์สมิธ แต่ภาพที่เห็นในห้องนั้นทำให้ต้องตกตะลึง! อาจารย์สมิธเป็นสายลับจริงหรือไม่? ตัวจริงที่อยู่เบื้องหลังคือ?