ฤดูร้อน ปี 2019 โคจิโระ ฟราว มายังเกาะทาเนะงะชิมะเพื่อตามหาแม่ที่หายตัวไป เธอผู้เป็นโปรแกรมเมอร์อัจฉริยะ สร้างเกมสุดฮิต "KILL BALLAD ON-LINE" (และสาววายขนานแท้) ได้พบกับเด็กหนุ่ม ยาชิโอะ ไคโตะ ที่เกิดและอาศัยอยู่บนเกาะนี้และเกี่ยวพันกับโครงการสร้างหุ่นยนต์ขนาดยักษ์ เธอและเขาตกลงร่วมมือกัน ทว่าโชคชะตาของทั้งคู่ก็ต้องเปลี่ยนไปอย่างใหญ่หลวงเมื่อต้องพบกับ "คิมิจิมะรีพอร์ต" ที่พยากรณ์ถึงอวสานของมวลมนุษยชาติ...!! เรื่องราวครั้งใหม่จากซีรี่ส์ "Science ADV" ต่อจากผลงานยอดนิยม "STEINS;GATE" ในฉบับนิยายมาถึงแล้ว!!