เกิดอุบัติเหตุร้ายแรง นาวาโทไคเอะดะ ชิโร่ กัปตันและลูกเรือยามานามิกว่า 70 ชีวิต ทั้งหมดจมหายไปกับเรือดำน้ำอย่างปริศนา หลังเกิดเหตุพวกเขาทั้งหมดปรากฏตัวอย่างลับๆ อยู่ในเรือดำน้ำ ซีแบท ประจำกองเรือสหรัฐที่ 7 ทันทีที่ซีแบทหรือยามาโตะเริ่มขับเคลื่อน พวกเขาก็ยิงตอร์ปิโดคลื่นเสียงเพื่อเล่นงานเรือดำน้ำ “นิวยอร์ค” ของสหรัฐและหายตัวไปอย่างลึกลับ!!