โคนันกลับมาเป็นชินอิจิชั่วคราว และไปทัศนศึกษาที่เกียวโตกับพวกรัน! ...แต่ก็เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องขึ้นจนได้!? และปริศนาใหญ่ที่สุดในยอดนักสืบจิ๋วโคนัน บอสขององค์กรคนชุดดำถูกเปิดแล้ว----!?