เสี้ยววินาทีตัดสิน! สิ่งที่พวกโกลด์ซึ่งกระโดดเข้าไปใน "ห้วงเวลา" ได้เห็น ก็คืออดีตของยานางิ! การปะทะกันระหว่างพลังเทคนิคและความรู้สึก! ในขณะนั้นเองปาฏิหารย์ที่เซเรบี้ โปเกมอนข้ามเวลาสร้างขึ้นก็คือ? และหลังจากเหตุการณ์หนึ่งจบลงแล้ว ตำนานใหม่ก็ได้เริ่มต้นขึ้นอย่างเงียบๆ