ตัวเอก ชิบาตะ ฮิเดโตะ (เรียกย่อๆ ว่า "ฮิเดะ") ซึ่งกลายมาเป็นสายลับใหม่ภายใต้สังกัดคันดะอดีตหน่วยข่าวกรองในตำนาน ในฐานะหน่วยสืบข้อมูลลับเยาวชนประจำจังหวัด มิคาโดะ บอยหมายเลข 3 ร่วมมือกับกิน มิคาโดะ บอยหมายเลข 2 ในการท้าทายกับอำนาจมืดที่กำลังจะกลืนกินจักรวรรดิ! คนที่ฆ่าอาจารย์สมิธคือคุโรกิคุง เพื่อนสนิทของฮิเดะ แถมคนที่อยู่เบื้องหลังคุโรกิคุงก็คือแก๊ง 2 คนปริศนาที่พวกฮิเดะตามหาตัวอยู่ เมื่อความจริงกำลังจะเปิดเผย ฮิเดะก็หมดแรงเพราะยาพิษที่คุโรกิคุงให้กิน ส่วนแก๊ง 2 คนที่คิดว่าคุโรกิคุงหมดประโยชน์ก็เล่นงานและจุดไฟเผาบ้านคุโรกิคุง! โชคดีที่กินมาช่วยออกไปก่อนที่ไฟจะไหม้หมด แต่ฮิเดะก็รู้สึกแย่ที่ไม่สามารถช่วยใครได้สักคน กินมาหาฮิเดะที่บ้าน แต่คดีสุดสะพรึงต่อมาก็กำลังจะเปิดฉากขึ้น!