สิบกว่าปีหลังศึกเข่นฆ่ากันของนินจาที่ถูกตีแผ่อยู่เบื้องหลังประวัติศาสตร์ในอดีต สิ้นสุดการต่อสู้อันดุเดือดของโคงะกับอิงะ ดูเหมือนพวกนินจาได้ความสงบสุขกลับมาชั่วคราว แต่เมื่อเวลาผ่านไปสิบกว่าปี จู่ๆ ก็มีกลุ่มนอกรีต “โจจินซู” ปรากฏตัวขึ้น วางแผนร้ายน่ากลัวในนามโชกุนโตกุงาวะ!! เป้าหมายของกลุ่มโจจินซูคือ โคงะ ฮาจิโร่ กับ อิงะ ฮิบิกิ ฝาแฝดคู่ชะตากรรมที่อาศัยอยู่ในหมู่บ้านนินจาและ “พลังพิเศษ” ที่พวกเขามีอยู่ ---บัดนี้ “เนตรพิฆาตมาร” ภาคใหม่เปิดฉากขึ้นแล้ว