ฤดูใบไม้ผลิ สมาชิกกองกำลัง SOS ต่างขึ้นชั้นปีใหม่โดยสวัสดิภาพ และทันทีที่เปิดเทอมใหม่ได้ไม่นานก็ออกมาตั้งโต๊ะัชักชวนคนเข้าชมรมชั่วคราวพ่วงกับการอธิบายเนื้อหากิจกรรมไปด้วย ในระหว่างนั้นเอง ฮารุฮิก็สนุกสนานกับการหาบุคลากรที่เหมาะสมมาเป็นสมาชิกใหม่ แต่โคอิซึมิกลับบอกว่าสภาพจิตใจของฮารุฮิอยู่ในสภาพสั่นคลอน ต้นเหตุนั้นมาจากเพื่อนเก่าที่เคียวน์ได้พบในวันสุดท้ายของการปิดเทอมฤดูใบไม้ผลิ!? เริ่มต้นบทใหม่ "การแบ่งแยก" และมีตอน "Wandering Shadow" อันเป็นเหตุการณ์วิญญาณปริศนารวมอยู่ในเล่มด้วย!!