สิ่งมีชีวิตขนาดยักษ์ปริศนาที่ถูกเรียกว่า ‘เทพ’ ได้เข้ารุกรานญี่ปุ่น และโตเกียวก็กลายเป็นเขตอันตรายซึ่งเป็นที่อยู่ของเหล่าเทพไปแล้ว ทว่าเด็กสาวนามว่าวากะก็ยังมาที่โตเกียวเพื่อตามหาเพื่อนสนิทที่หายตัวไป และได้พบกับโทคินางะ นักวิจัยหนุ่มที่ออกมาลาดตระเวนในขณะนั้น เขาได้รู้ความจริงว่าในตัววากะมี ‘บางสิ่ง’ ที่ใช้ต่อกรกับเทพได้สถิตอยู่ แต่สิ่งนั้นจะเป็นจุดเริ่มต้นของหายนะหรือเป็นอาวุธกอบกู้โลกกันแน่—