จงขึ้นขับไคจู ญี่ปุ่นได้รับผลกระทบขั้นรุนแรงจากสิ่งมีชีวิตปริศนาขนาดยักษ์ เพื่อต่อต้านมหันตภัยร้ายแรงที่อาวุธยุคปัจจุบันมิอาจต่อกร ชิโด ยามาโตะ พลขับฝีมือฉกาจแห่งกองทัพอากาศได้รับคำสั่งให้ขึ้นขับขี่อาวุธชีวภาพขนาดยักษ์ที่ถูกเรียกว่า "คามุย"―