แฟนของโคนัน “โมริ รัน” นั้น พ่อของเธอ “โคโกโร่” เปิดสำนักงานนักสืบอยู่ โคนันใช้สำนักงานนั้นเป็นที่พักพร้อมกับติดตามแกะรอยองค์กรลับไปด้วย เพื่อหลบสายตาชาวโลกและองค์กรลับโคนันจึงได้ใช้โรงเรียนประถมเป็นฉากบังตา และได้ให้ความช่วยเหลือ โมริ โคโกโร่ เพื่อที่จะได้อาศัยร่มเงาของนักสืบในการเปิดโปงองค์กรลับนี้!!