ในปีค.ศ. 2036 พวกอิบาระผ่านวิกฤติในชินจูกุมาได้อย่างยากลำบาก และกำลังมุ่งหน้าไปเชลเตอร์ในชิบูยะ ณ ที่นั่นซึ่งเป็นที่ชุมนุมใหญ่ของเหล่าผู้รอดชีวิต อิบาระได้พบกับเด็กหญิงคนหนึ่ง... ท่ามกลางแผนการร้ายของดร.คอพเพลิอุสที่ดำเนินไป อิบาระจะช่วยคนได้หรือไม่!?