คู่ปรับที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในชีวิตของ เอโดงาวะ โคนัน = คุโด้ ชินอิจิ พวกมันคือองค์กรอาชญากรรมปริศนาที่แฝงตัวในเงามืด ที่สมาชิกในองค์กรล้วนแล้วแต่ใส่ชุดสีดำ เช่น จิน, ว็อดก้า, ปิสโก้, เบลม็อท, คีร์... โคนันต้องเสี่ยงชีวิตต่อสู้กับพวกมันนับจากคดีแรก ไปจนถึงการร่วมมือกับ FBI เพื่อเผยโฉมองค์กรลับนี้ โคนัน = ชินอิจิ จะกลายเป็นกระสุนเงินที่ยิงถล่มองค์กรลับนี้ได้!!