เมื่อเหล่ามนุษย์ผู้ไม่สมบูรณ์แบบต้องมาเผชิญหน้ากับศัตรูสุดสะพรึง! เพียงไม่กี่เดือนก่อนที่ยานแอนแนคซ์หมายเลข 1 จะออกเดินทางจากโลก ชายที่สมัครเป็นลูกเรือซึ่งจะร่วมเดินทางไปดาวอังคารและมีแผนที่จะต้องเข้ารับการผ่าตัด M.O. ผู้หนึ่งกลับขโมยฝักไข่ของเทราฟอร์เมอร์ที่โคลนนิงและเก็บรักษาอยู่ในสำนักงาน U-NASA หลบหนีไป โทเฮย์ ทาจิบานะกับอลิซาเบธ รูนี่ย์ซึ่งเป็นผู้ขาดคุณสมบัติเพราะการผ่าตัด M.O. ไม่สมบูรณ์จึงต้องเริ่มต้นสืบสวนและไล่ล่าชายผู้นั้นตามคำสั่งของ U-NASA แม้ว่าจะเกิดอุปสรรคในการสืบสวนหลายครั้งแต่สุดท้ายก็สามารถตามล่าชายที่ขโมยฝักไข่จนจนมุมได้สำเร็จ และยิ่งไปกว่านั้นลูกเรือคนสำคัญของยานแอนแนคซ์หมายเลข 1 สองคน อันได้แก่ โคมาจิ โซคิจิกับมิเซลล์ เค เดวิส ยังได้มาร่วมต่อสู้กับพวกเขาจนสมรภูมิยิ่งทวีความดุเดือดขึ้นไปอีก!!