ในปี ค.ศ. 2036 หลังจากฝ่าฟันผ่านความยากลำบากนานัปการ ในที่สุด อิบาระ ก็ช่วยผู้รอดชีวิตทั้งหมดที่ยังตกค้างอยู่ในโตเกียว นครมรณะได้! แต่โรงไฟฟ้านิวเคลียร์ที่โอไดบะกำลังเกิดปฏิกิริยาลูกโซ่ ทำให้กัมมันตรังสีเริ่มรั่วไหลออกมาสู่ภายนอกอีกครั้ง อิบาระและพวกคอมเพเลียนจึงต้องมุ่งหน้าไปยัง “โลงหิน” เพื่อป้องกันสถานการณ์ที่เลวร้ายที่สุด แต่ทว่า...!?