วิกฤติวันเปิดภาคเรียนของโทมะ เมื่อมีผู้ใช้เวทมนตร์จู่โจมนครการศึกษา! ในวันเปิดภาคเรียนวันแรกของนครการศึกษา อินเดกซ์ได้รู้จักคาซาคิริ เฮียวกะที่โรงเรียนของคามิโจ โทมะ และกลายเป็นเพื่อนกัน เมื่อถึงเวลาเลิกเรียน ทั้งสามจึงพากันไปเที่ยวย่านการค้าใต้ดินเพื่อฉลองวันเปิดเทอม ในวันเดียวกันนั้นเอง ก็มีผู้บุกรุกเข้ามาในเมือง เธอคือผู้ใช้เวทมนตร์จากโบสถ์พิวริตันเหมือนกับอินเดกซ์ แต่ว่าเป้าหมายของเธอคือการสังหารโทมะ อินเดกซ์ และเฮียวกะเพื่อก่อสงครามระหว่างโลกเวทมนตร์และโลกวิทยาศาสตร์!