ด้วยความสามารถขนาด เชอร์ล็อค โฮมส์ ของนักสืบนักเรียนมัธยมปลายอย่าง คุโด้ ชินอิจิ ทำให้เขามีชื่อเสียง แต่วันหนึ่งเกิดอุบัติเหตุขึ้นกับเขา เขากินยาประหลาดเข้าไปทำให้กลายเป็นเด็กอีกครั้ง...!? แต่งานนักสืบของเขายังต้องดำเนินต่อไปภายใต้ชื่อใหม่ว่า “เอโดงาว่า โคนัน” !!