‘ยักษ์สีดำ’ ที่ปรากฏตัวบนพื้นผิวดวงจันทร์ ถูกบีบรัดด้วยหอกลองกินุสที่อัลมารอสปล่อยออกมา โลกกำลังเผชิญภัยพิบัติซึ่งเกิดขึ้นเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ ท่ามกลางความวุ่นวายนั้น ผู้ที่ปรากฏตัวอยู่เบื้องหน้าซูเปอร์เอวานเกเลี่ยนและชินจิคือ เครื่องหมายเลขสองสีขาว ‘เอวา EURO II’ ซึ่ง ‘หัวหน้าห้อง’ โฮรากิ ฮิคาริ เป็นผู้ขับเคลื่อน อีกหนึ่งเส้นเรื่องใหม่ ที่แตกแขนงออกมาจากทีวีอนิเมะตอนที่ 24 ซึ่งดุเดือดและสั่นสะเทือนไม่แพ้เส้นเรื่องหลัก