โคโกโร่และโซโนโกะได้รับเชิญไปงานปาร์ตี้บนเรือผีสิง และแล้วบุคคลสำคัญของงานก็ถูกผีกัปตันเรือฆ่าตาย! แล้วทำไม คุโด้ ชินอิจิ ถึงปรากฏตัวออกมาได้!? ขณะเดียวกันโจดี้ที่มีพฤติกรรมน่าสงสัยได้พาตัวไฮบาร่าไป... จะหยุดยั้งแผนร้ายของชายชุดดำได้หรือไม่... โคนันจะทำอย่างไร...?