มุโต ยูกิ เด็กนักเรียนชั้นม.ปลายปี 2 ซึ่งมีปู่เป็นเจ้าของร้านเกมส์ซึ่งเป็นคนเรียบร้อยและใจดีและยอมคน ยูกินั้นไม่มีเพื่อนเลยนอกจากอันสุที่เป็นเพื่อนกันมาตั้งแต่อนุบาล และภายหลังยูกิได้ต่อตัวต่อปริศนาพันปีได้สำเร็จทำให้เขามีอีกร่างนึงซึ่งเป็น”ฟาโรห์”ปรากฏตัวขึ้นมาในตัวต่อของเขา และสิงอยู่ในตัวต่อพันปีนั้น และหลังจากนั้นยูกิก็ได้ร่วมต่อสู้ กับเหล่าผองเพื่อนที่เค้าได้มาหลังจากได้พิสูจน์ตัวเองในหลายๆเรื่อง จนกระทั่งยูกินั้นต้องตามหา ความทรงจำแท้จริงของยูกิอีกคนที่สิงอยู่ในตัวต่อพันปีนั้น ทำให้ยูกิต้องเดินทางและต่อสู้กับคนต่างๆ มากมายเพื่อชิงความทรงจำของตัวเองอีกคนกลับคืนมา…