องค์กรปริศนา "เปลือก" เริ่มเคลื่อนไหวเพื่ตามหา "ภาชนะ" ที่สูญหายไป ระหว่างนั้นเอง โบรุโตะกับนารุโตะก็ประลองฝีมือกัน ทว่า มือขวาของนารุโตะกลับเป็นอุปกรณ์นินจาวิทยาศาสตร์… โบรุโตะที่โมโหโทโสถูกสั่งให้รับภารกิจใหม่!? มหันสภัยคืบคลานเข้ามาอีกครั้ง!!