ชั้นใต้ดิน ชั้นที่ 31 คือชั้นล่างสุดของพีระมิด เซ็นโงคุสามารถลงไปสำรวจชั้นนี้ได้สำเร็จ ที่นั่นพวกเขาได้พบสิ่งแปลกประหลาดมากมาย มีตั้งแต่แบบจำลองสัตว์สูญพันธุ์ขนาดเท่าของจริง ที่พวกเขาเคยเจอมาแล้แทบทั้งนั้น นอกจากนั้นยังมีห้องเพาะเลี้ยง ห้องเก็บรักษา DNA สัตว์ต่างๆ มากมาย มันเป็นปริศนาที่พวกเขาต้องเก็บเอาไปขบคิด หลังออกมาจากโพรงได้นิชิกิโอริก็บังคับให้เซ็นโงคุพาพวกเขาอีก 15 คนลงไปสำรวจอีกครั้ง โดยขู่บังคับด้วยการจับโอโมริกับอาจารย์โคโคโนะเอะเผาทั้งเป็นเป็นการต่อรองถ้าไม่ทำตาม