โคนัน รัน และขบวนการนักสืบเยาวชน ได้เข้าร่วมชมสาธิตการฝึกซ้อมกลางทะเลบนเรืออีจิสของกองกําลังป้องกันตนเองทางทะเล ในระหว่างการสาธิตการรบที่เปิดให้บุคคลทั่วไปเข้าชมได้ ปรากฏเรือต้องสงสัยลึกลับขึ้น...!! นอกจากนั้นยังพบแขนซ้ายที่ไม่รู้ว่าเป็นของใครอยู่ภายในเรืออีกด้วย...!? เปิดฉาก!! เรื่องราวของสายลับ แอ็คชั่น ปริศนาระทึก!