มิคังและโฮตารุซึ่งเติบโตที่เมืองในบ้านนอกเป็นเพื่อนซี้กันสุดๆ แต่จู่ๆ โฮตารุดันย้ายไปเข้าโรงเรียนในเมืองเสียนี่.... มิคังจึงไล่ตามโฮตารุไปจนถึง ?โรงเรียนอลิซ? ที่นั่นเป็นโรงเรียนของพวกหัวกะทิที่มีแต่สุดยอดอัจฉริยะเท่านั้นถึงจะเข้าได้!? จู่ๆ อลิซของประธานก็หายไป ในช่วงเวลานั้นเองมีข่าวว่า "Z" องค์กรลึกลับที่คาดว่าน่าจะมีส่วนเกี่ยวข้องในคดีครั้งนี้ลอบเข้ามาในโรงเรียน โฮตารุและมิคังออกโรงเพื่อช่วยประธาน แต่ว่า...!?