มิโคโตะได้รับคำสั่งให้ไปเป็นตัวล่อเพื่อตอบโต้การบุกของ “ซีรินจ์” ที่หมายจะชิง D99 ไวรัสปริศนาที่มีพลังของพระเจ้า เธอต้องออกห่างจากโรงเรียนโมจิสึกิและลอบเข้าเมืองที่มีสถาบันค้นคว้าในโรงเรียนซึ่งเก็บรักษา D99 อะไรจะรอเธออยู่ที่นั่น....!?